NOM¶

atomes - une boîte à outils pour analyser, visualiser et créer/éditer des modèles 3D à l'échelle atomique

SYNOPSIS¶

atomes [OPTIONS] fichiers...
atomes [OPTIONS_IMAGES] fichiers...

DESCRIPTION¶

Cette page de manuel documente brièvement la commande atomes

atomes est une boîte à outils pour analyser, visualiser et créer/éditer/ des modèles 3D à l'échelle atomique.
L'espace de travail permet d'ouvrir et gérer plusieurs projets qui peuvent échanger des données: résultats d'analyses, coordonées atomiques ...
atomes propose également un système avancé de préparation aux calculs de dynamique moléculaire pour plusieurs outils connus:

OPTIONS¶

Ce programme utilise un jeu d'options spécifique pour décrire les formats de fichiers de coordonnées atomiques (ex: -xyz),
mais suit autrement la syntaxe GNU habituelle, avec des options longues commençant par 2 tirets (`-').
atomes essaye toujours d'ouvrir un fichier en se basant sur son extension,
il est toutefois possible de forcer le format de fichier à utiliser en utilisant la(les) option(s) associées.
Un résumé des options est présenté plus bas.

-h, --help

Afficher un résumé des options

-v, --version

Afficher la version du programme

-awf, -AWF

Ouvrir un fichier espace de travail d'atomes

-apf, -APF

Ouvrir un fichier projet d'atomes

-xyz, -XYZ

Importer des coordonnées atomiques au format XYZ

-c3d, -C3D

Importer des coordonnées atomiques au format Chem3D

-trj, -TRJ

Importer des coordonnées atomiques au format CPMD

-xdatcar, -XDATCAR

Importer des coordonnées atomiques au format VASP

-pdb, -PDB, -ent, -ENT

Importer des coordonnées atomiques au format PDB

-cif, -CIF

Importer des coordonnées atomiques au format CIF

-hist, -HIST

Importer des coordonnées atomiques au format DL_POLY history

-ipf, -IPF

Importer un projet I.S.A.A.C.S.

EXAMPLES¶

atomes projet.apf fichier.xyz -pdb autre_fichier

atomes -awf espace_de_travail -apf projet -xyz fichier -pdb autre_fichier

OPTIONS_IMAGE¶

atomes peut être utilisé pour généré des images des modèles atomiques directement depuis la ligne de commandes.

-p, --png, --render-png

Générer une image format PNG

-j, --jpg, --render-jpg

Générer une image au format JPG

-o, --output=[FICHIER]

Nome de l'image (par défaut: image.png ou image.jpg)

-W, --width=[TAILLE_X]

Largeur de l'image en pixels, TAILLE_X doit être > 0

-H, --height=[TAILLE_Y]

Hauteur de l'image en pixels, TAILLE_Y doit être > 0

Selon le fichier devant être rendu, les paramêtre par défaut du rendu sont obtenus:
- Pour un fichier projet atomes (*.apf): dans le fichier projet en question.
- Pour un autre type de coordonnées atomiques (ex: .xyz): selon les préférences utilisateurs dans atomes.pml
Dans chaque cas, plusieurs paramêtres peuvent être temporairement modifiés
en utilisant des options depuis la ligne de commandes:

-s, --style=[STYLE]

Style visuel, parmi:
- Boules et bâtonnets: balls_and_sticks, ball_and_stick, b_and_s, bs, b
- Fils de fer: wireframes, wireframe, wires, wire, wi, w
- Rayons covalent: covalent_radius, covalent, cov_rad, cov, co, cr
- Rayons ioniques: ionic_radius, ionic_rad, ionic, ion, ir
- Rayons de van der Waals: van_der_waals_radius, van_der_waals, vdw_radius, vdw_rad, vdw, vr
- Rayons cristallins: in_crystal_radius, crystal_radius, in_crystal, crystal, cryst, cr
- Sphères: spheres, sphere, sph, sp, s
- Cylindres: cylinders, cylinder, cyl, cy, c
- Points: dots, dot, d

-r, --rep=[REP]

Style de représentation, parmi:
- Orthographique: orthograhpic, ortho, 0
- Perpsective (par défaut): perspective, persp, 1

-b, --box=[STYLE]

Déclanche l'affiche de la boîte, si présente, et défini le style
Style, parmi:
- Fils de fer: wireframes, wireframe, wires, wire, wi, w
- Cylindres: cylinders, cylinder, cyl, cy, c

-a, --axis=[STYLE]

Déclanche l'affichage des axes, et défini le style
Style, parmi:
- Fils de fer: wireframes, wireframe, wires, wire, wi, w
- Cylindres : cylinders, cylinder, cyl, cy, c

-e, --acolor=[PALETTE]

Définie la palette de couleur pour les atomes et les liaisons
- Espèce(s) chimique(s): species, spec, sp, 0
- Coordination(s) totale(s): total_coordiantion, total_coord, tc, 1
- Coordination(s) partielle(s): partial_coordiantion, partial_coord, pc, 2
- Fragment(s)*: fragment, frag, fg, 3
- Molécule(s)*: molecule, mol, mo, 4
* si nécessaire déclanche l'analyse correspondante

-t, --pcolor=[PALETTE]

Affiche les polyèdres de coordination, définie la palette de couleur à utiliser

-C, --box_color=[COULEUR]

Couleur de la boîte, COULEUR en codage héxadecimal, 3 ou 6 lettres, avec ou sans #

-G, --back_grad=[GRAD]

Type de gradient d'arriètre plan, parmi:
- Pas de gradient: none, no, 0
- Linéaire: linear, lin, 1
- Circulaire: circular, circ, 2

-B, --back_color=[COULEUR]

Couleur d'arrière plan, COULEUR en codage héxadecimal, 3 ou 6 lettres, avec ou sans #
Déclanche l'utilisation d'une couleur unique pour l'arrière plan (pas de gradient)

-D, --back_dir=[DIR]

Direction du gradient d'arrière plan, parmi:
- Gradient linéraire
- Droite à gauche: 0
- Haut en bas: 1
- Bas droit vers haut gauche: 2
- Haut droit vers bas gauche: 3
- Gradient circulaire
- Droite à gauche: 0
- Gauche à droite: 1
- Haut en bas: 2
- Bas en haut: 3
- Bas droit vers haut gauche: 4
- Bas gauche vers haut droit: 5
- Haut droit vers bas gauche: 6
- Haut gauche vers bas droit: 7
- Depuis le centre: 8

-P, --back_pos=[POS]

Position du point mixe des couleurs du gradient entre [0.0 - 1.0]

-U, --grad_col_a=[COULEUR]

Couleur initiale du gradient, COULEUR en codage héxadecimal, 3 ou 6 lettres, avec ou sans #

-V, --grad_col_b=[COULEUR]

Couleur finale du gradient, COULEUR en codage héxadecimal, 3 ou 6 lettres, avec ou sans #

EXEMPLES¶

atomes --render-png --width=1920 --height=1024 -o projet.png projet.apf

atomes -j -W 1920 -H 1024 --output=mon_fichier.jpg fichier.pdb -s cyl -e pc

VOIR AUSSI¶

https://atomes.ipcms.fr/

AUTEUR¶

Cette page de manuel a été créée par Dr. Sébastien Le Roux <sebastien.leroux@ipcms.unistra.fr>

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Signaler tout erreur à <https://github.com/Slookeur/atomes-GNU/issues>.